Giống như Lưu Bang nhà Hán, Minh Thái Tổ đã gây ra nhiều vụ án văn chương và gây ra nhiều án liên lụy đến nhiều người nhằm diệt trừ hậu họa cho con cháu.[44] Ông nhận thấy Thái tử nhu nhược, khó mà điều khiển nổi những công thần bướng bỉnh không thuần, trước khi ông qua đời còn giúp cho con cháu diệt trừ tận gốc. Tống Liêm là thầy của Thái tử, từ những năm đầu đã theo làm tham mưu cho Thái Tổ vào sinh ra tử chốn quân trường, lập được nhiều công to, làm quan đến chức Học sĩ Thừa chỉ tri chế cáo. Thái Tổ cũng viện cớ để giết ông ta, Thái tử thấy thầy bị kết án chém, rơi lệ cầu xin cho thầy. Để dạy bảo Thái tử, ông cho mang một cây roi lớn có đầy gai nhọn quẳng xuống đất, bảo Thái tử nhặt lên. Thái tử có vẻ lúng túng, nhà vua liền dạy rằng:

Thái tử thông minh hiểu được ý của cha, nhưng cũng không cho là đúng, liền khuyên giải vua cha một cách khéo léo rằng:

Ngụ ý là làm vua không được tàn bạo. Thái Tổ rất giận dữ, liền tóm lấy ghế quẳng về hướng thái tử.

Việc này cho thấy Hồng Vũ Đế sau khi đã ngồi trên ngai rồng đã xem công thần là những gai nhọn cần phải loại bỏ. Thống nhất thiên hạ rồi, không thể dùng võ tướng nữa, ông đã tính kỹ cho con cháu. Dùng quan văn để trị thiên hạ, Thái Tổ vẫn không an tâm, cho nên quyền lực từ trung ương đến địa phương hầu hết đều tập trung trong tay Hoàng đế, phát triển chế độ Trung ương tập quyền đến đỉnh cao, trở thành một trong những vị vua có quyền lực nhất trong lịch sử Trung Quốc[45].

Minh Thái Tổ luôn cho rằng thần dân của ông nên tuân lệnh ông và cực kỳ khét tiếng với việc giết chóc trong các cuộc thanh trừng của mình. Các hình phạt ưa thích của ông là lăng trì và lột da. Một tướng lĩnh của ông là Thường Ngộ Xuân đã thực hiện các cuộc thảm sát ở Sơn Đông và Hồ Nam để trả thù cho việc quân đội của ông bị chống trả. Cùng với thời gian, Minh Thái Tổ trở nên ngày càng lo sợ sẽ bị mưu phản và lật đổ, thậm chí ông còn cho hành quyết các quan viên dám chỉ trích mình. Tương truyền chỉ vì nghe một người dân có lời bất kính với mình mà Hồng Vũ hoàng đế cho tàn sát hàng nghìn người ở Nam Kinh. Vào năm 1380, sau khi đã giết chóc rất nhiều, một tia sét đã đánh thẳng vào cung điện của nhà vua, Minh Thái Tổ cực kỳ sợ hãi và đã dừng các cuộc giết chóc lại một thời gian vì nhà vua sợ bị thiên khiển (trời phạt).

Minh Thái Tổ tạo nên những vụ án lớn, văn thần võ tướng, tất cả đều bị càn quét triệt để. Năm Hồng Vũ thứ 13 (1380), Minh Thái Tổ dùng tội danh “tự quyền xây dựng phe phái” đã giết Thừa tướng Hồ Duy Dung. Sau khi giết Hồ Duy Dung rồi, Chu Nguyên Chương cũng bãi bỏ luôn cơ quan Trung thư tỉnh và đề cao vai trò của 6 bộ. Từ đó công việc chính trị trong nước do 6 bộ phân chia nhau thực hiện và trực tiếp nghe lệnh hoàng đế. Việc làm đó đã thâu tóm quyền lực vào tay một mình hoàng đế và xóa bỏ chế độ tể tướng vốn tồn tại 1500 năm ở Trung Quốc.

Cháu của Tống Liêm là Tống Thận vì có dính líu đến vụ án của Hồ Duy Dung, Minh Thái Tổ triệu Tống Liêm (lúc đó đã từ quan) về Nam Kinh để xử tử ông và cả nhà của ông, sau được Mã Hoàng hậu và Thái tử Chu Tiêu ra sức can ngăn (vì Tống Liêm là thầy dạy học của Thái tử Chu Tiêu), Tống Liêm may mắn thoát chết, nhưng đổi lại toàn bộ thành viên trong gia tộc bị xử tội lưu, đày đến Mậu Châu (nay thuộc huyện Mậu tỉnh Tứ Xuyên). Bản thân Tống Liêm bị bắt đi xung quân. Trên đường tới vùng giữa Quỳ Châu (nay thuộc huyện Phụng Tiết thành phố Trùng Khánh) và Mậu Châu thì Tống Liêm mắc bệnh qua đời vào đầu năm 1381.

Đại tướng Từ Đạt của nhà Minh bệnh nặng trong năm 1384. Minh Thái Tổ sợ Từ Đạt làm phản nên sau đó đã bắt ông giao lại binh quyền cho Chu Đệ và buộc ông phải trở về Nam Kinh. Từ Đạt giao lại cho con trai thứ là Từ Tăng Thọ quyền chỉ huy 30 vạn quân, kế tục lòng trung thành của Từ Đạt với Yên vương Chu Đệ.

Sang năm 1385 đại tướng Từ Đạt của nhà Minh qua đời, nghi vấn là do chính Minh Thái Tổ (Chu Nguyên Chương) giết hại. Từ Đạt vốn không bị buộc tội mưu phản, trong khi các tướng lĩnh khai quốc của nhà Minh ngoại trừ Thường Ngộ Xuân chết sớm trước tuổi 40 ra thì hầu hết đều bị Minh Thái Tổ tru diệt chín họ với tội danh mưu phản. Tương truyền nói rằng Từ Đạt bị bệnh, thầy thuốc nói rằng phải kiêng món ngỗng. Minh Thái Tổ nghe vậy liền cho người đem một con ngỗng quay đến cho Từ Đạt, buộc ông ăn hết và chứng kiến ông chết. Cũng có thuyết nói rằng khi thấy vua tặng cho con ngỗng quay làm thức ăn, Từ Đạt đã hiểu ý vua và uống thuốc độc tự sát chết, giống như chuyện Tào Tháo giết Tuân Úc năm nào. Bấy giờ Từ Đạt mới 54 tuổi. Tuy nhiên đây chỉ là truyền thuyết, vẫn chưa chứng minh được. Tướng quân Phó Hữu Đức đến Bắc Bình để nắm giữ bộ chỉ huy quân sự bị bỏ trống sau cái chết của tướng quân Từ Đạt.

Mặc dù vậy, Chu Nguyên Chương vẫn chưa yên tâm. Ông cảm thấy thái tử Chu Tiêu bản chất trung hậu nhu nhược không thể trấn áp được các công thần. Bởi thế, năm 1390, 10 năm sau cái chết của Thừa tướng Hồ Duy Dung, Lý Thiện Trường là khai quốc công thần nhà Minh và thông gia với nhà vua Minh Thái Tổ. Do bị cáo giác đồng lõa với Hồ Duy Dung ngày trước nên bị Minh Thái Tổ chém cả nhà, lúc đó Lý Thiện Trường đã 77 tuổi, muốn sống những ngày cuối đời mà nhà vua cũng không cho. Cùng với Lý Thiện Trường, cả gia đình hơn bảy mươi người cũng bị Minh Thái Tổ giết sạch.

Minh Thái Tổ lại dựng tù ngục, dùng tội danh “thông đồng với Hồ Duy Dung, mưu đồ làm phản" để giết một lượng lớn các công thần, lão tướng như Lục Trọng Đình, Đường Thắng Tông...

Theo sách "16 hoàng đế triều Minh" của Vương Thắng Hữu chủ biên thì “Những người liên lụy bị tù, bị giết đã tới trên 3 vạn người”. Minh Thái Tổ còn biên soạn một tài liệu là “chiêu thị gian đảng lục” để công bố những kẻ bị kết tội mưu phản ra khắp thiên hạ. Vụ việc dây dưa kéo dài tới mấy năm vẫn chưa xong gây nhiều hoang mang.

Hết đợt sóng này tiếp nối đợt sóng khác, sau việc trên hai năm (lúc này Thái tử Chu Tiêu đã qua đời vào năm 1392, con của Chu Tiêu là Chu Doãn Văn được lập làm Hoàng thái tôn) lại sinh ra vụ án Lương Quốc Công Lam Ngọc. Thường ngày, Lam Ngọc có nhược điểm là hay kể công kiêu ngạo, Minh Thái Tổ vốn đã có cái nhìn không mấy thiện cảm. Tháng 2 năm Hồng Vũ thứ 26 (1393) Cẩm y vệ Chỉ huy sứ là Giang Hoàn báo cáo: Lam Ngọc có ý làm phản. Được tin, Minh Thái Tổ hạ lệnh bắt  vị Quốc công này. Cẩm y vệ dùng hình phạt tàn bạo để thẩm vấn, buộc ông phải khai đồng đảng. Liên lụy tới vụ này gồm Cảnh Xuyên hầu Tào Chẩn, Nhạn Ứng hầu Trương Dực, Thượng thư bộ Lại Chiêm Huy, Thị lang bộ hộ Bạc Hữu Văn, … vì nhà vua cho rằng họ đã bàn bạc với nhau nhân khi Hoàng đế làm nghi thức “Tịch điền” sẽ phát động chính biến. Lam Ngọc bị xé xác, tam tộc bị tru di. Phàm là những người có liên quan tới vụ án hoặc người có qua lại với Lam Ngọc đều bị giết cả nhà. Lần giết hại này có nhất Công, nhị Bá, thập tam Hầu, ngoài ra còn hơn mười người là những tướng lĩnh có công chinh chiến và rất nhiều quan văn cao cấp. Có người bị giết có người nói  hơn một vạn năm nghìn, có người nói tới hai vạn.

Sau hai vụ án Hồ Duy Dung và Lam Ngọc, triều đình nhà Minh vắng sạch bóng công thần. Sự chuyên chế và tàn bạo của Minh Thái Tổ trở nên nổi danh trong lịch sử.

Tuy nhiên sau khi giết Lam Ngọc, Minh Thái Tổ lại quay sang vứt bỏ Cẩm Y vệ, bản thân Giang Hoàn (Chỉ huy sứ của Cẩm y vệ) sau đó cũng bị Minh Thái Tổ tìm cớ xử tử.

Ngoài những người bị giết trong hai vụ án Hồ Duy Dung và Lam Ngọc, còn có mấy công thần có liên lụy tưởng thoát nạn nhưng cuối cùng cũng không gặp may mắn. Sau khi vụ án Lam Ngọc kết thúc một năm, năm 1394 Minh Thái Tổ giết Định Viễn hầu Vương Bật và Vĩnh Bình hầu Tạ Thành cũng vì bị coi là phạm tội lớn. Lúc đó, Vương Bật đã cáo lão về nghỉ, cũng bị triệu hồi kinh sư (Nam Kinh) để giết.

Lúc này trọng thần của Minh Thái Tổ là Phó Hữu Đức đang nắm giữ 131000 quân ở Bắc Bình khiến Minh Thái Tổ e ngại ông này. Ngày 20 tháng 12 năm 1394 Minh Thái Tổ quyết định loại bỏ luôn trọng thần Phó Hữu Đức bằng cách xử tử ông này (có sách nói là Minh Thái Tổ buộc ông này tự sát).

Qua hơn một năm Dĩnh Quốc công Bạc Văn Đức và Tống Quốc công Phùng Thắng không hiểu nguyên nhân vì sao cũng phải tự sát. Để thực hiện độc tài chuyên chế, bảo đảm thiên hạ tồn tại với con cháu vạn đời, Chu Nguyên Chương “lục thân bất nhận”, giết cả cháu ruột là Chu Văn Chinh, đầu độc cháu ngoại là Lý Văn Trung chỉ với lý do họ “thân cận Nho sinh”, “lễ hiền hạ sĩ”, trong khi họ đều là những người vào sinh ra tử, lập rất nhiều chiến công.

Trong cuộc khủng bố giết hại công thần của Chu Nguyên Chương, chỉ có một người may mắn tránh được là Khai quốc nguyên huân Tín Quốc công Thang Hòa. Ông là người cùng thôn với Chu Nguyên Chương, vốn xuất thân là người coi gia súc. Ông là người rất hiểu Chu Nguyên Chương, tường tận tâm lý của Hoàng thượng nên ông đã cẩn thận lo xa, sau khi sự nghiệp thành công vội giao binh quyền, cáo lão về quê nên mới bảo toàn được tính mạng.

Chu Nguyên Chương còn để cho cơ quan đặc vụ Cẩm y vệ hoạt động công khai, từ sau bức rèm the lại nhảy lên tiền đài.[46] Trong hơn 30 năm cai trị của Minh Thái Tổ, Cẩm Y vệ chịu trách nhiệm cho cái chết của hơn 10 vạn người.

Những năm cuối đời, Minh Thái Tổ còn ban bố điều lệ Hoàng Minh tổ huấn, yêu cầu con cháu cùng các công thần phải tuân thủ "phép tắc của tổ tông", quy định đời sau kẻ nào sửa đổi điều tổ tông đặt ra thì giết không tha. Ông đã giữ chính sách bế quan tỏa cảng, trở thành "tổ huấn", dĩ nhiên là "tổ huấn" đó đã được giữ khư khư một cách tiêu cực, làm cho nền chính trị của vương triều Minh bị ảnh hưởng một cách lâu dài.